微波滅菌機是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
1、準備工作：
a、檢查設備是否有“已清潔”卡，清場合格證，并在有效期內；
b、檢查電氣開關、電線、接地是否良好；
c、檢查設備狀態是否完好,防護裝置是否正常的；
d、檢查水、電是否配接完好，所有的門，覆板是否關好。將控制臺所有開關置于“關”的位置。
2、開機操作：
a、合上電源開關；
b、打開控制板電源開關。門開關指示燈亮，否則再次檢查所有的開關是否關好；
c、按“低壓開關”按鈕，低壓指示燈亮。觀察微波電源箱內風機運轉是否正常；
d、開流量控制按鈕，將物料送入加熱箱內；
e、開啟微波，設定好合適的工作時間，按“1組微波”按鈕，指示燈亮，此時微波發光管亮，表示正常工作，用同樣的方法開啟另外3組微波。
3、關機操作：
a、關高壓，再次按“1組微波”按鈕；
b、停止送物料，再次按“流量控制”按鈕；
c、延時5分鐘（風冷卻磁控管和水冷卻變壓器）再次按“低壓開關”按鈕；
d、關控制臺電源開關；
e、關閉總電源開關。
5、安全規程：
a、操作人員必須按規定穿戴防護用品，應扎好袖口，不準圍圍巾，女工發辮應挽在帽子里；
b、微波設備必須專人操作，以保證設備正常運轉；
c、維修、保養、檢修設備時必須切斷總電源，并掛上“有人工作、禁止合閘”的標牌；
d、每次工作完畢，必須進行清掃，徹底清除掉入箱內的物料；
e、設備正常運轉時，不允許空載，不允許有金屬物進入加熱箱內，以免引起高頻打火，損壞設備；
f、每次開機、關機必須嚴格按操作規程進行，如遇突然斷電，則應把所有開關置于“關”的位置，避免突然送電時造成元器件的損壞；
g、如長時間不使用，在開機前先用熱風機對設備底部四組變壓器電容部位上的水分進行風干，以免造成電器元件的損壞。
